أقامت مؤسسة حرية الفكر والتعبير عدداً من الدعاوى القضائية بشكل متتالي ضد كلا من وزير التعليم العالي ورئيس جامعة بنى سويف بصفتيهما أمام محكمة القضاء الادارى ببني سويف وقد حملت هذه الدعاوى أرقام 2834 لسنة 10 ق و 3306 و 3307 و 3308 و 3309 لسنة 10 ق و 3326 و 3327 لسنة 10 ق، لامتناع الأول عن صرف مستحقات أعضاء هيئة التدريس الذين اشتركوا في مشروع الربط بين زيادة الرواتب وجودة الأداء، المعتمد من قبل وزارة التعليم العالي في 21/6/2008 وبدأ تنفيذه علي أعضاء هيئة التدريس في 1/7/2008 .
حيث امتنعت وزراة التعليم العالي منذ 1 أكتوبر 2008 وحتى الآن عن صرف مستحقاتهم عن هذا المشروع الذي يتضمن أربعة مراحل، بدأت المرحلة الأولى في 1/7/2008 وانتهت في نهاية سبتمبر، وبدأت الثانية في أول أكتوبر وانتهت في أخر ديسمبر 2008، وبدأت الثالثة في أول يناير وانتهت في أخر مارس 20098، وكانت المرحلة الرابعة والأخيرة من أول ابريل وحتى أخر يونيو 2009، وقد توقف المشروع تماماً بعد هذه المرحلة .
كان وزير التعليم العالي قد أعلن أن أسباب عدم الصرف تعود إلى عدم قدرة ميزانية الوزارة على الوفاء بها، ومن جانبهم أكد عدد كبير من أعضاء هيئة التدريس على أن الوزارة ردت جزء كبير من مخصصات وزارة التعليم العالي في الموازنة العامة إلى وزارة المالية بدعوى عدم الاحتياج لهذا الجزء من الميزانية .
وتؤكد مؤسسة حرية الفكر والتعبير على أن قرار وزير التعليم العالي بالامتناع عن صرف مستحقات أعضاء هيئة التدريس في مشروع الجودة مخالف لبنود المشروع، ومفتقداً لأية أسباب قانونية، ومخالفا للمبادئ القانونية المستقرة على ضرورة وأهمية ما يقوم به عضو هيئة التدريس من مهام تقع علي عاتقه، وانه بموجب ذلك لابد من أن يكون هناك مقابل يلائم ويلبي احتياجات أساتذة الجامعات ويليق بمكانتهم، وان يكون هناك تساوى بين ما يقوم به أعضاء هيئة التدريس من ناحية وبين المقابل المادي الذى يتقاضونه من ناحية أخرى
